Земли уйгуров складываются из четырёх особобленных районов, каждый из которых находится под влиянием однго из зарубежных соседей, и мало контактируя с тремя другими.
Западная зона, земли исчезнувшего в XVIII в. тюркского Кокандского ханства, охватывает подавляющее большинство оазисов Таримской впадины, частично Ферганскую долину с городами Андижан и Коканд, Ош с близлежащими к ним районами. Южная зона от Яркента и Хотана к Керии испытала сильное индийское влияние, что и обусловило ее внешнюю ориентацию на эту страну и в особенности на Пакистан. Вместе с тем север Джунгарской равнины вместе с Семиречьем образует т.н. Северную зону. Наконец, восточную часть Синдзян-Уйгурского автономного района с главным городом - Урумчи относят к Восточной зоне.
Западная и Южная зоны находятся под влиянием радикально настроенных сепаратистов, использующих в своих политических программах идеологию ваххабизма. Здесь живы исламские традиции, рядом проходит афгано-таджикского коридор.
Эксперты считают, что для разворачивания сепаратистского движения этого недостаточно. При власти Дэн Сяопина СУАР превратился в подобие российской Колымы, среди населения стали преобладать оседлые зэки. В 90-х уйгуры стали нацменьшинством, составляя 40% населения СУАР - 7,7 миллионов.
Более того, уйгуры - не единственный коренной народ на этих землях. Кроме них здесь ещё проживает около 100 монгольских семейств-кланов. Без финансовой помощи со стороны исламистских организаций Ирана, Пакистана и Сирии разжечь искру сепаратизма в Синьцзяне при таком калейдоскопе этнических групп было бы сложно.
Наиболее активной мусульманской организацией, борющейся за обособление Синьцзян-Уйгурского автономного района от КНР, является Исламское движение Восточного Туркестана (ИДВТ).В 1999 году на территории Афганистана состоялась встреча Усамы бин Ладена с лидерами ИДВТ и ИДУ (Исламского движения Узбекистана).
Основная подготовка боевиков ИДВТ, которая осуществлялась в учебно-тренировочных центрах Пагман, Баграм, Асадабад, Шинварн оплачивалась за счет средств саудовской организации "Хаяти Хилолй ахмари сазды" (руководитель - сын покойного диктатора Пакистана Зия Уль Хака).
Соединенные Штаты Америки внесли ИДВТ в список террористических организаций. Вероятно, на такой шаг Соединенные Штаты пошли под давлением Китая. Согласно официальной статистике в течение последних нескольких лет в ходе борьбы за создание Восточного Туркестана погибло 162 человека и ранено более 400. А вообще наибольшие проявления уйгурского сепаратизма были отмечены в апреле 1990, феврале 1992, мае 1996, феврале 1997, январе 1998 и марте 2002 годов.
Северная зона СУАР до сих пор активно сопротивляется политике центрального руководства КНР. По данным агентства Франс-Пресс, восточнее Алматы и вдоль по восточной границе Казахстана действуют, по меньшей мере, четыре подпольных организации, главные штаб-квартиры которых находятся на территории Синьцзян-Уйгурского автономного района: Организация объединенного национального революционного фронта Восточного Туркестана (ОНРФВТ), Партия освобождения Уйгурстана, Восточно-туркестанский объединенный союз молодежи, Исламская партия возрождения. Первой и последней из перечисленных приписывают активную террористическую деятельность.