Изучение ДНК собаки породы боксер по кличке Таша позволило составить первую полную последовательность генов в собачьем геноме и заполнить пробелы, которые оставались после определения 80% генов пуделя по кличке Шэдоу два года назад, пишет New Scientist (перевод на сайте Inopressa.ru).
Консорциум во главе с Керстином Линбладом-Тохом из Института Броуда в Кембридже, штат Массачусетс, США, использовал для составления схемы генома Таши секвенирование методом "выстрела из дробовика" (метод определения первичной нуклеотидной последовательности с использованием крупных стохастических фрагментов с перекрывающимися последовательностями). С помощью этого метода геном сначала раскладывается на фрагменты и определяется последовательность ДНК в каждом из них. Затем компьютер вновь соединяет фрагменты.
Для точности этот процесс должен быть повторен несколько раз, и новая схема - это продукт многократных повторений, в отличие от исследования генома Шэдоу, пуделя, принадлежащего предпринимателю Крейгу Вентеру. На этот раз боксера Ташу выбрали потому, что она - высокоинбредная собака (родилась в результате близкородственного скрещивания). Это означает, что различия между парными хромосомами меньше, что облегчает секвенирование.
Домашние собаки сильно различаются внешне, однако их геномы на 99,85% идентичны. Боксера и пуделя, например, разделяет всего одно отличие на каждые 900 нуклеотидных оснований. "Собака всегда остается собакой в смысле генома", - отмечает Линблад-Тох.
У собак больше генов, сходных с человеком, чем у мышей, несмотря на то что они откололись от нашего общего предка раньше, чем мыши. Так что более детальная схема генома значительно улучшит наше понимание, какие гены отвечают за внешний вид и какие - за некоторые заболевания, пишет New Scientist.
"У собак и людей много общих заболеваний, включая рак, эпилепсию и диабеты, - говорит соавтор исследования Элинор Карлссон, также работающая в Институте Броуда. - Иногда можно проводить прямые сравнения генов, ответственных за эти заболевания у собак и людей, и открытия, сделанные у собак, могут принести пользу человеческой медицине".
Помимо генома Таши, исследователи секвенировали менее крупные части генома собак 10 других пород, таких как немецкая овчарка, бигль и левретка, а также их близких родственников, волка и койота. Они составили каталог 2,5 млн индивидуальных отличий ДНК разных пород.
Охватившая более 99% генома Таши схема также позволила глубже взглянуть на то, как на уровне ДНК работает естественный отбор. Большая часть некодирующей ДНК у собак такая же, как и у людей, и это означает, что она подвергается мощному естественному отбору, отмечает New Scientist.
"Поэтому некодирующая ДНК - это не просто "мусор", - говорит Ганс Эллегрен, представитель факультета эволюционной биологии в Университете Упсала в Швеции. Эти последовательности, по его словам, могут составлять некодирующую РНК или выполнять регуляторно-координирующую функцию.
